Научная деятельность отдела истории связана с исследованием актуальных проблем исторического развития Мордовии, региональной историографии и источниковедения; разработкой теоретических и методологических вопросов регионального исторического процесса. 

С этой целью отдел осуществляет фундаментальные и прикладные научные исследования, проводит научные мероприятия. 

Отдел решает задачи координации научно-исследовательских работ по проблемам истории, проводимых государственными научными и образовательными учреждениями, находящимися на территории Республики Мордовия; накопления и систематизации научной информации об истории мордовского народа и края; подготовки квалифицированных научных кадров для республики; установления связей с кафедрами образовательных учреждений высшего профессионального образования республики, соответствующими профилю отдела, для решения научных и методических вопросов в области истории, участия сотрудников отдела в осуществлении педагогической деятельности учреждений; популяризации научных знаний по профилю деятельности отдела.